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bienvenido a bioinformatics@usc

vpthumb.pngLa idea de crear una plataforma web que diera soporte a los esfuerzos en bioinformática llevados a cabo por nuestro grupo de la Universidad de Santiago de Compostela nos llevó a la creación de este portal, contando con el soporte técnico y tecnológico del Centro de Supercomputación de Galicia, y usando Joomla! como nuestro sistema online de gestión de contenidos.

 
SPSmart

snpforid.gifSPSmart es un motor de búsqueda que permite a sus usuarios acceder a diversos datos estadísticos (frecuencia alélica, alelo menor, heterocigosidad o Fst) de distintas bases de datos de genotipos con información poblacional (HapMap, Perlegen, CEPH o SNPforID). Cada base de datos es preprocesada, facilitando así cualquier búsqueda poblacional.

página web: http://spsmart.cesga.es/

 
tabler

tabler.giftabler es un script de transformación de datos presentes en columnas concretas de uno o varios ficheros, generando una tabla resultante de la representación de dos rangos de datos y su producto cartesiano. Indicando uno o más ficheros de datos es capaz de extraer las columnas que se le indiquen y presentarlas en un formato de tabla de más fácil manejo.

Se puede descargar tanto el instalador para windows como el código fuente.

 
Genotyping Data Filter

gdf.gifEl Genotyping Data Filter (GDF) es un potente script que procesa la salida de distintas plataformas de genotipado. Es capaz de encontrar información relevante como inconsistencias de genotipado, y de transformar los distintos formatos de salida para posteriores herramientas de análisis. Más información en su propia página de ayuda.

página web: http://bioinformatics.cesga.es/gdf/

 
miniLIMS

minilims.gifEl mini Laboratory Information Management System es una herramienta web colaborativa que surgió de la necesidad de nuestro grupo de tratar con datos de nuestros proyectos de genotipado, para cualquier dato relacionado con proyectos y experimentos, incluyendo ficheros que debían ser almacenados y recuperados.

página web: http://bioinformatics.cesga.es/minilims/